Degut a la seva orografia, el clima de La Muga es pot diferenciar en tres rangs en funció de l’alçada:
- Clima mediterrani d’alta muntanya
- Clima mediterrani de mitja muntanya
- Clima mediterrani litoral
Tant la temperatura com la precipitació varien amb l’alçada. Es passa de 1250 mm a l’any i 11-13 oC a la part alta, a 575 mm de pluja a l’any i temperatures de 14-16 oC.